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La secuenciación genómica ahora es posible en la UdeA

19/10/2021
Por: Julián David Ospina Sánchez - Periodista

Seis grupos de investigación de la UdeA unieron recursos y capacidades para conformar la Unidad de Servicios de Secuenciación —Uni-SEQs—, en la que es posible analizar la composición genética de organismos o células específicas. Esta importante alianza contribuirá al desarrollo científico en múltiples áreas del conocimiento y tendrá aplicación en el tratamiento de enfermedades, los procesos industriales o el estudio de la biodiversidad.

Los estudiantes serán vitales para que se mantenga en funcionamiento la nueva Unidad de Servicios de Secuenciación. Foto Gustavo Gámez.

«Siempre les decía a mis alumnos: "generar información sobre genómica estructural para nosotros aún es un sueño, mientras tanto analicemos lo que nos mandan". Ahora el mensaje es otro, podemos producir y estudiar nuestros propios datos», expresó el profesor Gustavo Adolfo Gámez de Armas, coordinador de la Unidad de Servicios de Secuenciación —Uni-SEQs—.

La nueva Uni-SEQs de la Universidad de Antioquia, según el profesor Cristian Mauricio Álvarez, integrante del Grupo de Inmunología Celular e Inmunogenética —Gicig—, permite conocer y analizar la estructura genética de cualquier ser vivo. «A través del estudio de los fragmentos de un genoma, se puede establecer el papel que cumple cada gen en determinado proceso biológico», explicó.

Esto quiere decir que los conjuntos completos de material genético denominados genomas, pueden ser fraccionados para caracterizar mejor un virus y sus mutaciones, por ejemplo. «En casos como el de la covid-19 la nueva herramienta nos permite analizar las diferentes variaciones del virus que ocasiona la enfermedad y mirar la respuesta de las vacunas», anotó Wbeimar Aguilar Jiménez del grupo de Inmuno-Virología —IMV—.

Precisamente en este momento de la pandemia, el primer trabajo de la Uni-SEQs se concentra en analizar la historia completa del virus SARS-CoV-2 en el Valle de Aburrá, para saber cuáles han sido sus cambios. «Estimamos que a finales de este año podríamos tener un buen muestreo y a principios del año entrante algunas conclusiones», dijo Aguilar Jiménez. 

En el caso del diagnóstico de parásitos en los seres humanos, la Unidad de Servicios de Secuenciación será fundamental, porque muchos de ellos provienen de las mismas familias, pero tienen variaciones. «Si nosotros tenemos el detalle de las secuencias genómicas podemos afinar tanto el diagnóstico como el tratamiento», manifestó Carlos Muskus López, investigador del Programa de Estudio y Control de Enfermedades Tropicales —Pecet—.

Para el grupo Gicig, al que pertenece el profesor Cristian Álvarez, los datos que entregue la Unidad podrán mostrar estándares de compatibilidad más estrictos para adelantar trasplantes de órganos o de células madre en el caso de la Leucemia. 

En general la Uni-SEQs significa para la Universidad de Antioquia que tendrá su propia base de datos genética en todos los campos de estudio que se necesiten, no solo para el tratamiento de enfermedades, sino para procesos industriales o el estudio de la biodiversidad colombiana.

«Para que la Unidad avance necesitamos un cambio de mentalidad. Nuestro trabajo puede valer un dólar más, pero se verá recompensado en formación y crecimiento», Carlos Muskus López. 

Sistema de secuenciación iSeq 100 Illumina. Foto Gustavo Gámez.

Tecnología de punta

Para la conformación de la nueva unidad se adquirió un sistema de secuenciación llamado iSeq100, fabricado por la empresa estadounidense Illumina, que junto con la firma Rochem-Biocare brindan apoyo técnico y científico. 

Dicha tecnología fue adquirida por la Alma Máter a través de los grupos de Inmuno-Virología —IMV —, Genética Molecular —Genmol—, el Programa de Estudio y Control de Enfermedades Tropicales —Pecet—, el Grupo de Inmunología Celular e Inmuno-Genética —Gicig—, el Laboratorio Integrado de Medicina Especializada —Lime— y Genética, Regeneración y Cáncer —GRC—. 

En su visión misional, los grupos de investigación definieron a la Unidad como un recurso transversal en el campo de la genómica estructural para el apoyo de las labores de ciencia, docencia y extensión de la Universidad de Antioquia, que en su periodo inicial proporcionará servicios de secuenciación principalmente a los profesores afiliados a los equipos mencionados, pero que durante su etapa de crecimiento y consolidación se extenderá a todos los investigadores que la requieran. 

Este es un paso muy importante para que el trabajo de secuenciación genómica se generalice en los diferentes laboratorios y los precios de la tecnología vayan bajando. «La invitación queda abierta, por lo pronto, para que los investigadores de la Universidad de Antioquia generen proyectos que nos lleven a tomar nuestras propias decisiones a nivel científico», concluyó el profesor Gustavo Adolfo Gámez de Armas.

Proyección de servicios 

La Unidad de Servicios de Secuenciación de la Universidad de Antioquia proyecta para el corto plazo una primera oferta que incluye: secuenciación de genomas virales; secuenciación de genomas bacterianos; secuenciación dirigida de fragmentos y paneles de genes; secuenciación completa de exomas; secuenciación de RNA; así como metagenómica, epigenómica, análisis bioinformático y controles de calidad de DNA y RNA. La Uni-SEQs está ubicada en el cuarto piso de la torre dos de la Sede de Investigación Universitaria —SIU—. 

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